Esta zona consta de dos ecosistemas claramente diferenciados: el litoral y los fondos marinos.
Litoral: Son áreas de condiciones extremas, en fuerte pendiente o en abierto acantilado, expuestas a las inclemencias del mar y del viento. Son pocas las especies vegetales que se desarrollan en ellas. San Juan de Gaztelugatxe, la isla de Aketxe, el cabo Matxitxako (Bermeo), el gran acantilado de cabo Ogoño, el litoral de Antzora y los acantilados de Lapatza, son algunos de los parajes destacables.
Fondo Marino: Más allá de la costa, el medio marino es un ecosistema lleno de vida, mucho más difícil de apreciar que el de tierra firme, con una riqueza en flora y fauna difícil de encontrar en otros mares. La temperatura del agua oscila desde los 10-12ºC del invierno a los 20ºC del verano. Las especies marinas más habituales en las aguas que bañan el litoral de Busturialdea son Moluscos como los caracolillos, lapas, ostras, pulpos o sepias. Crustáceos, como la quisquilla, los percebes, el bogavante y el cangrejo de mar o karramarro. Y peces como la lubina, la Mujarra, el Berdel, el Txitxarro o el salmonete. Ocasionalmente se pueden ver en éstas aguas, grandes cetáceos como los delfines comunes o mulares, el rorcual común, el rorcual aliblanco, cachalotes y orcas.